第二阶段：经历交恶期
20世纪90年初开始至21世纪前10年的大约20年间，中日关系经历了跌宕起伏的交恶时期，主要表现在2010年9 月发生在钓鱼岛附近海域的“9•7”渔船碰撞事件以及2012年9月野田政府上演的购岛国有化闹剧。
中日渔船碰撞事件
2010年9月7日上午，一艘载有15名船员的中国拖网渔船“闽晋渔5179” 号在钓鱼岛附近海域进行捕捞作业时，被日本海上保安厅一艘巡视船“与那国”号在黄尾屿西北12公里处发现，遂日船对“闽晋渔5179”号进行追赶和拦截，10时15分许“与那国”号巡视船尾与“闽晋渔5179”号船头发生碰撞事故。随后，海上保安厅另两艘巡视船“水城”号和“波照间”号前来增援，对中国渔船进行围追堵截。10时55分左右，在距黄尾屿15公里处，“闽晋渔5179”号再次与阻止其前行的“水城”号巡视船右舷发生碰撞。两次碰撞没有造成双方人员伤亡和燃料泄漏，但“与那国”号巡视船甲板上的两根支柱断裂，“水城”号巡视船体被割破，另有五六根扶手被碰断。下午13时许，日方6名巡视船上保安官强行登上中国的渔船，控制了“闽晋渔5179” 号。其后，海上保安厅又派出22名海上保安官登上中国渔船，并以涉嫌违反《渔业法》为由对“闽晋渔5179”号进行了搜查并予以扣押。8日凌晨1时左右，日方下达逮捕令，并连人带船拖带至石垣港，7时25分抵港。10日那霸地方检察厅石垣支部以涉嫌妨碍执行公务为由申请拘留中国渔船船长詹其雄，石垣市简易法院当天批准检方拘留詹其雄10至19日。石垣海上保安部认为，中国渔船在日本领海内进行了非法作业，有违反《外国人渔业管制法》的嫌疑，以此向渔船上的14名中国船员进行调查询问。经过中方强烈抗议以及反复多次与日方交涉，9月13日日方先释放了被非法抓扣的14名中国船员及其渔船，9月24日日本冲绳县那霸地方检察厅又宣布放还被非法抓扣的中国渔船船长詹其雄。
上演购岛国有化闹剧
2012年9月，时任日本首相的野田佳彦与东京都知事石原慎太郎唱了一出双簧，上演了购买钓鱼岛并国有化的闹剧。引起中方举国上下无比愤怒并采取一系列反制措施，中日因岛屿争端两国关系跌到恢复邦交正常化以来的最低谷。事后查明，购买钓鱼岛国有化论调是日本右翼势力最先抛出的， 时任东京都知事的石原慎太郎作为关键人物在此闹剧中充当了关键角色。无独有偶，时任日本首相野田佳彦与石原慎太郎不谋而合，公开表示支持并付诸实施。2012年9月9日，时任国家主席的胡锦涛在出席亚太经合组织第二十次领导人非正式会议期间，同日本首相野田佳彦进行了交谈。胡锦涛郑重指出，“近来中日关系因钓鱼岛问题面临严峻局面。在钓鱼岛问题上，中方立场是一贯的、明确的。日方采取任何方式“购岛”都是非法的、无效的，中方坚决反对。中国政府在维护领土主权问题上立场坚定不移。日方必须充分认识事态的严重性，不要作出错误的决定，同中方一道，维护中日关系发展大局。”但是，野田佳彦首相完全无视胡锦涛主席的警示性劝告，对于胡锦涛推心置腹的交谈当做耳旁风。9月10日上午，日本政府举行内阁会议，决定从2012年度预算的预备经费中拨出20.5亿日元（约合人民币1.66亿元）， 从所谓土地所有权者手中购买钓鱼岛、北小岛、南小岛三个岛屿，并将其国有化。9月11日，日本政府正式与所谓的钓鱼岛“地权者”签订了“买卖合约”。野田政府的这一举动，激起了包括全世界华人华侨在内的全体中华民族的无比愤恨，并采取多种措施进行反制。中国外交部对日表示强烈抗议的同时，例举了诸多钓鱼岛及其附属岛屿自古以来就是中国固有领土的历史事实和法律依据。9月19日，时任国家副主席的习近平会见美国国防部长帕内塔时谈到钓鱼岛问题，他指出，日方应该悬崖勒马，停止一切损害中国主权和领土完整的错误言行。希望美方从地区和平稳定大局出发，谨言慎行，不要介入钓鱼岛主权争议，不要做任何可能激化矛盾和令局势更加复杂的事情。针对日方购岛国有化闹剧，中方采取公务船对钓鱼岛及其附属岛屿附近海域进行常态化巡航执法措施。从2012年9月14日开始的中国公务船常态化巡航一直坚持至今。
中日关系发展第二阶段的20年间中日关系跌宕起伏，进入21世纪中日海上争端明显增加，从原来的划界争议、岛屿争端上升到了资源争夺以及军事争斗。尤其是发生了“9•7”渔船事件和购岛国有化两次海洋权益争斗，将两国关系推到了战后最低谷。究其原因，一是由于中国经济突飞猛进发展、总量超越日本成为第二大经济体，中国海洋权益意识提高和能力增强，维护海洋权益付诸实施，对此日本很不适应，且日本明治维新以来鄙视中国的传统观念根深蒂固，没有根本转变，两者发生“化学”反应。二是由于日本民主党执政“缺乏”经验，误判形势故意制造海上摩擦。三是由于20世纪末东欧巨变、苏联解体、两极格局崩溃，冷战结束后失去支撑中日密切关系的共同目标。
