副部长
1965年，凌云升任公安部副部长。从这时起，十二局副局长丁兆甲与凌云有了较多的工作接触，导致了半世纪的恩恩怨怨。
公安部老人们都知道，丁兆甲与凌云一直是“针尖对麦芒”的。对此，丁兆甲自己毫不讳言。96岁的他精力和记忆力都依然很好，与《中国新闻周刊》记者两次长谈了6个多小时。
丁兆甲回忆，1965年2月，一位重要外宾路过北京，留宿一晚，周恩来准备和他见面谈话。外交部礼宾司找到公安部，问两人谈话时能不能录音。这是公安部十二局主管的业务，处长李阳汇报给丁兆甲，丁兆甲嘱咐李阳此事要问清楚，究竟是周恩来布置的，还是外交部的意见。因为自己在西郊办公，丁兆甲让李阳自己去找公安部常务副部长徐子荣汇报。
李阳去汇报时，凌云在场。在凌云提议下，徐子荣、凌云、李阳以及外交部的韩叙一同去外宾下榻处查看了下，认为不适宜录音，此事就此放弃。
“文革”期间，所谓“窃听事件”受到追查，李阳被逮捕，丁兆甲也受到冲击。李阳坚持没有窃听，被关押三年，最后经外交部韩叙等人证明才被释放，派到深圳做临时工作，不久后在广州因心脏病去世。
1982年7月，公安部专案人员“轮训班”开学，参加过中央专案的283人，本部专案的40多人，再加“文革”中的“造反骨干”，总计近400人，集中到中央政法干部学校（今公安大学）“集训”，实际上是“封闭式审查”。李阳妻子张本惠本来也在轮训班名单之列，她找到主管此事的凌云，凌云批准她不进轮训班。据丁兆甲所知，对于“轮训班”，时任公安部部长赵苍璧和凌云持不同意见。赵苍璧等认为，这些人如果有违法乱纪搞逼供信的行为，当然应该追究，如果是一般的职务行为，就不应该追究。
后来，在张本惠的要求下，凌云批准追认李阳为烈士。丁兆甲说，公安部此前没有这样的先例。
1965年，十二局还发生了一件案子。公安部十二局曾经收到武汉市公安局送来的一份外文情报材料。丁兆甲记得，送来时，武汉市局只简单翻译了资料目录，其中提到方志敏、向警予、刘少奇等被捕，但是具体内容没有译文。丁兆甲看不懂原文，也没有布置将内容译出，所以不知道其中具体情况。丁兆甲向主管十二局的副部长徐子荣写了报告，建议将这批材料转存中央档案馆或者公安部档案处。徐子荣批示同意存部档案处，并经副部长杨奇清、凌云圈阅。丁兆甲让业务处的柏遇春去找办公厅办理交接，之后的情况再未过问，业务处也没有再向他汇报。
据丁兆甲后来所知，当时因办公厅主任忙于“四清”之事而未能办理，不久后又因为所谓在毛泽东专列上安装窃听器的“录音事件”，十二局的工作陷于瘫痪，此事就搁置了。
“文革”开始后，这份材料被追查，丁兆甲说自己不知道下落。造反派问丁兆甲：“凌云说曾和你谈过，让你不要把刘少奇的材料拿出来，材料就在你这里，把材料找出来。”丁兆甲否认。造反派说：“凌云都承认了，跟你讲过六次话。”丁兆甲说：“我根本没有印象，你们让我和凌云对证，什么时候跟我谈的，不要说六次，一次能证明，我就甘愿受处分。”造反派去秦城监狱找凌云对质，凌云说：“我也记不清楚了。”这件事不了了之。丁兆甲认为，到现在都没能给他一个清楚的说法。
1967年1月17日，是个余海宇现在记起都想哭的日子。这一天，时任公安部部长谢富治主持召开公安部干部大会，鼓动要彻底砸烂“公检法”。造反派把跳楼摔断腿的罗瑞卿用大筐抬上会场批斗，余海宇和凌云都在陪斗之列。会后，公安部7位副部长和43位正副局长、63位正副处长被打成叛徒、特务、反革命、死不改悔的走资派。凌云等7位副部长、一批局长都被关进了监狱。
凌云认为，自己进秦城监狱要归因于康生。
延安时期，凌云曾在康生任部长的中央社会部工作了5年。1947年冬，他随康生率领的土改工作团到达山东渤海区，其间约有大半年担任康生的秘书。土改工作期间，康生夫人曹轶欧认为渤海区党委秘书长彭瑞林的夫人历史上参加过国民党三青团，是“国民党分子”，要凌云查究她的“政治问题”。凌云经了解情况后，没有理会。他后来才得知，康生夫妇“在渤海区党委时就看出你不对头了”。
1949年10月，康生因病去青岛休养。曹轶欧是山东分局组织部副部长，留在济南，住在分局机关内。她坚持认为，自己在山东分局内已遭到严密监视。分局领导们要凌云对曹做疏解工作，但凌云不但没有疏解成功，反而得罪了对方，成为与康生断交的开始。他后来表示：“我真后悔做了这件蠢事。”
1952年，凌云和陈龙一起去北京医院看望康生。电话联系时，曹轶欧听了他们自报家门后大声吼道：“不用你们来看！社会部的人，我一个都不想见！”两人只好离去。
1955年“高饶反党联盟事件”爆发时，康生给中央写信，说他原来的秘书沙陶和凌云都是被饶漱石收买的“反党分子”。材料转到公安部，罗瑞卿没有理会。
“文革”时，康生成了“中央文革小组”的顾问，红得发紫。他亲笔写下许多批语，说凌云是“叛徒”“特务”，制造了一个所谓“彭真、罗瑞卿、徐子荣、凌云内奸集团”，凌云为此坐牢7年。
余海宇说，“文革”前公安部的人对凌云的议论主要是不好接近，“文革”后，她开始听到一些比较负面的议论。她从没见过凌云回应过，也看不出他的情绪。
余海宇说：“我认为他在“文革”时候，为了保护自己，他的话说得有点多了。他知道得多，说得也多，得罪了不少人。”
但她认为，造反派口中传出的消息，真相难辨。比如，公安部一位副主任曾告诉她，就是因为凌云“告密”自己才受牵连坐牢。而她听说的则是，凌云交待的事情被造反派断章取义了。
而且，即便确实是出于凌云之口，说这些话的情境也需要加以区别。被关押之后说的，不能叫“揭发”，只能叫“交待”。在那个人人自危的时期，交待情况太正常了。这样的事，数不胜数。余海宇听说，凌云在狱中也交待了她的情况，但她从没问起过凌云，也并无介怀。
1967年11月，余海宇也被关进秦城监狱，1973年才出狱。后来，她听说中南海西门外有人专门接收告状信，就告诉了凌云的妻子梅建群，建议她写信申诉。梅建群写信送到中南海西门外，果然看见一个穿着大衣走来走去的人，信交给此人一周后，凌云出狱了。
“清理办”和“摘帽办”
凌云出狱后，负责的一项重要工作是监狱清理。
监狱清理的调查摸底由公安部五局（劳改局）负责。一次，在五局工作的胡治安随凌云去参加清理工作会议。会上决定，成立清理工作领导小组，由调查部部长罗青长（有时副部长熊向晖代）、统战部副部长童小鹏和公安部副部长凌云负责，并由这三部门联合成立“清理办公室”。问凌云公安部谁参加，凌云随手一指胡治安，就他了！
80多岁的胡治安告诉《中国新闻周刊》，“清理办”设在公安部大楼五层，实际坐班的就他一人。摸底进行了半年多，查清全国各地的监狱和劳改场所中共关押国民党县团级以上党政军特人员15000多人，多是在解放后的历次镇反、肃反运动中以历史罪被判刑的。
“清理办”办公会议上，讨论到在押人员的具体情况时，凌云心里像有一本账，哪个人什么职务，什么历史罪行，怎么被捕的，改造时表现如何，他都能随口说出，一清二楚，让胡治安佩服不已。
经过讨论，决定对953名国民党将级在押人员中的109名不予释放。但毛泽东批示，一律释放。因此，其余人员也照此办理，全部释放了。
“文革”后，公安部清理“四人帮余孽”，参加过公安部“红旗队”的胡治安成了清理对象。他认为自己没喊过口号，也没发过言，更没抄过家，看不惯一些人见风使舵的面孔，就在会上和两个处长顶撞了起来：“用四人帮的办法清理四人帮的余孽，是错误的！”
这番话汇报到凌云那里，凌云说：“你们搞错了，胡治安不是造反派，我很了解他，我从监狱出来他就跟着我。”凌云还打电话给胡治安，叫他不要胡说八道，也不要再参加运动了，老老实实在“清理办”待着。
后来，胡治安险些被定为“三种人”，凌云又一次为他说了话，保下了他。
1978年5月，中央五部联合成立了右派摘帽工作领导小组，凌云是领导小组成员之一。领导小组之下，设立了“摘帽办”。“摘帽办”设在中央统战部，受凌云指派，胡治安代表公安部参加了“摘帽办”的工作。
6月，五部在山东烟台召开了关于全部摘掉右派分子帽子的工作会议，会上出现了两种对立意见。凌云曾是1961年成立的“改造右派分子工作领导小组”的成员，当年因摘帽面过大受到过中央批评，有了这一教训，他以自己的切身体会劝告与会者，只摘帽，不要搞甄别平反。但在中组部部长胡耀邦、副部长杨士杰的推动下，大家统一了认识，对于错划右派者，“应实事求是地予以改正”。在此基础上，形成了“解放55万人的55号文件”。
一次，一位被凌云划成右派的公安部干部给“摘帽办”写信要求平反，胡治安向凌云汇报，凌云坦然地说：“对，那个人是我划的，你把他改过来。”据丁兆甲所知，此人一直对凌云不谅解。
还有一次，一位过去被凌云从公安部调走的干部向统战部写信申诉，胡治安趁凌云来统战部开会时向他了解此人的情况，凌云说：“他没有什么问题，现在看没有什么事。”
1981年，胡治安已经在“摘帽办”工作了三年。统战部想把他留下，但凌云不同意，打电话把他叫到了办公室。凌云告诉胡治安，别去统战部，也别回公安部，跟他走，他负责给胡治安安排工作。胡治安说自己已经答应统战部了，凌云说：“你答应他们了？可我没答应啊。”胡治安恳切地表示，自己是学历史的，留在统战部更能发挥自己的所学和所长。凌云这才作罢，让他想回来的话随时打电话。
后来胡治安才知道，当时凌云正在筹组国家安全部。1983年7月，凌云成为新成立的国安部的首任部长。
一天早上，胡治安去中山公园锻炼，碰见了凌云。凌云问他在统战部的情况，他说自己当了处长，凌云说：“还是个处长啊，早叫你跟我走你不跟我走。”胡治安说：“你那时候只说让我跟你走，我知道你要到哪去啊。”
一次罕见的访谈
1991年，为征集中共管教与特赦释放国民党战犯史料，时任抚顺市政协文史委主任纪敏以抚顺市政协文史委的名义给凌云写了一封信，希望他能在百忙中抽出一点时间，介绍一下中央有关管教与释放蒋战犯的决策经过。
他知道，早在50年代初期，凌云从山东济南调到公安部担任一局局长时起，就负责主抓管教国民党战犯工作，一直到1975年将战犯全部特赦释放完毕。
很长时间以后，纪敏忽然接到国家安全部办公厅的电话：“您是纪主任吗？我是凌部长的秘书。您写来的信，凌部长看过了，他对你们从事的工作很感兴趣。”对方邀请他进京一见。
上午8时许，纪敏在一间宽大的会客室里，见到了身材魁梧的凌云。凌云坐在长桌对面，纪敏发现，他正在上下打量自己。突然，凌云右手指一伸，指着纪敏问道：“你身在抚顺，为什么要把手伸向我们公安部？”纪敏答道：“凌部长，不是我把手伸进了公安部，而是公安部把战犯管理所建在了抚顺。”他说，访问凌云，是为了不辜负周恩来总理的期望，以免出现“人走史亡”的历史遗憾。凌云微微点头。
纪敏又说：“凌部长，老实说，我对您本人的研究也有多时了……”这话一出，立刻遭到凌云的“质问”：“直到今天为止，我对我自己还不够十分了解。你对我研究多时？说说看，我是怎么一个人？”
纪敏只能硬着头皮谈了自己搜集的资料，并提到自己曾在华东工矿部济南工业局政治部团工委任干事，局党委书记兼局长是王新民。凌云说，说起王新民，自己同他不光是认识与不认识的关系，而是曾经生死与共的战友。
半小时后，凌云终于开口进入谈起这次访谈的主题。
凌云一出口，纪敏就发觉他“语出惊人”，谈的事情竟都是档案查不到并且是各地中、下级管教干部说不清的史实。纪敏马上想到自己还带来了一个小型录音机，便向凌云请示：“凌部长，您谈的事情很重要，我们能不能录一下音？”凌云断然回答：“不可以。”纪敏又问：“那我们笔录一下，可以吗？”凌云还是断然回答：“不可以。”
纪敏两手放在白桌布的下面。凌云开始说时，他从裤袋内摸出备用的碳素笔与纸，将时间、地点、人物、姓名、数字等基本要点偷着记了下来。他自己一次也没敢低头，桌面上的笔记本和钢笔也一动未动。甚至，秘书准备的茶水，他也一口未喝，不想因此而出现去卫生间、中断访谈的场面。
谈完后，经过纪敏的诚恳请求和保证，凌云同意由他代笔写一篇稿子。“我必须说明，不经我审查，不经我批准，绝对不允许你随意发表。”
纪敏回抚顺后，很快就起草了一份文稿，不久收到凌云亲自修改的打字稿和一封亲笔信，对协助整理表示满意和谢意。这篇《中共的一项伟大决策——教育改造国民党战犯工作的回顾》稿件，1993年刊登在政协全国委员会办公厅主办的《纵横》杂志上。
