公共外交是日本对吉尔吉斯斯坦关系的主要内涵
在与吉尔吉斯斯坦的外交关系发展中，日本正是按照公共外交国家品牌六角形模式中的旅游、出口、管理（对外和对内政策）、投资和内移民、文化和遗产、人等六个方面，努力提升自己在吉的国家形象，并籍此强化自己在政治和经济问题上对吉尔吉斯斯坦的影响力。
日本对吉公共外交的主要实施机构
日本对吉公共外交的实施主要通过大使馆进行，另外还有官方发展援助、日本国际合作署以及人力资源开发中心等机构。各机构彼此之间责任明确，并且强调彼此之间的协调配合。
第一，日本驻吉大使馆。2003年1月，日本在吉尔吉斯斯坦设立大使馆。日本驻吉大使馆主导日本对吉公共外交的具体实施，包括各类援助项目以及各类教育文化交流项目。
第二，官方发展援助。日本主要依赖官方发展援助来实现其公共外交。1999年，官方发展援助的总额达到了创纪录的5357亿日元。实施官方发展援助项目的机构包括政府层面的日本科学教育部以及其下属的公共外交部门， 也包括大学、私人协会和非政府组织。日本的科学教育部以及下属的文化关系处进行了大量的文化交流项目。科学教育部下属的公共外交部门的预算主要来自日本基金会。日本基金会主要进行日语项目、文化交流项目、日本研究项目三类活动。
官方发展援助是日本公共外交的主要工具之一。日本不仅积极为自己的公共外交提供资助，而且有针对性的为科学、教育、语言和文化项目创造条件。借助于此日本得以强化对被援助国的影响，改善自己的形象，并由此获得在这些国家政治领域的影响力。
第三，日本国际合作署。在日吉建交以来的25年间，日本国际合作署的培训中心以及日本各高校为吉尔吉斯斯坦培训了几千名专家。从2007年起, 吉尔吉斯斯坦青年公务员开始在日本高校中进行职业培训。目前，这一项目的第一批毕业生已经开始在吉尔吉斯斯坦公职系统担任重要职务。
自2000年起，日本国际合作署的志愿者到达吉尔吉斯斯坦，在偏远地区的中小学教学，以及在“一村一产品”的项目框架内帮助当地社区用当地原材料生产产品并帮助开发销售市场，包括日本的销售市场。这些志愿者用吉语和当地居民交流，会弹奏吉尔吉斯民族乐器。这些志愿者建立的萨赫娜古丽库姆孜艺术团多次在东京举办的吉尔吉斯斯坦文化活动中演出。
第四，人力资源开发中心。1995年，人力资源开发中心开始在比什凯克运作。2000年，该中心更名为吉尔吉斯斯坦日本人类发展中心，不仅教日语，而且安排各种培训课程，例如商业培训课程、计算机培训等。中心的主要职能是推广日语。早期主要是在政府机构中推广学习日语，中心开办之后则是面对所有想学日语的民众。中心对日语教师和学习日语的学校提供支持，举办教师培训班、提供教材、举行竞赛及日语专题讲座等相关活动、举行去日本进修的考试等。
