“在转基因重大专项的支持下，我国的转基因育种整体研发进入国际先进水平。”据中国工程院院士、该专项技术总师万建民介绍， 2008年以来，我国育成转基因抗虫棉新品种168个，累计推广4.2亿亩，减少农药用量60%，增收节支470多亿元，已成为拥有自主知识产权的转基因棉花研发强国；抗虫转基因水稻研究国际领先，自主创新能力显著提升，获得专利1269项，专利总数仅次于美国、居世界第二位；制定转基因生物安全评价技术及检测标准和规程157项，形成了更加高效、精准、高通量的转基因生物安全评价和检测体系。
今年5月18日，在新药创制重大专项的支持下，国际顶尖学术期刊《自然》在线发表了我国科学家关于胰高血糖素受体和胰高血糖样肽—1受体的两项最新研究成果，为治疗Ⅱ型糖尿病和肥胖症的新药研发指明了方向。
据专项技术总师、中国工程院院士桑国卫介绍，新药创制重大专项实施10年来，中央财政累计投入研发经费143亿元，有效带动了社会和企业创新投入，实现直接经济效益超过1600亿元；主营收入超百亿的医药企业由专项实施前的2家增加至2016年的16家，京津冀、环渤海、长三角、珠三角等地区逐步形成相对集中、各具特色的生物医药产业集群。
“可以说，我们在重大突发疫情方面实现了从被动应付到主动应对的转变。”在中国疾病预防控制中心传染病预防控制所原所长徐建国院士看来，新发突发传染病防控能力的提升是传染病专项最显著的标志性成果。在该专项的支持下，我国建立了72小时内鉴定300种已知病原的检测技术体系。借助于传染病专项的技术支撑，我国有效应对了人感染H7N9禽流感、寨卡热等传染病疫情，在国际防控中彰显了中国力量。
再接再厉、打好决胜战，推动我国科技实现从跟跑向并跑、领跑的战略转变
巨大成就面前，技术总师们也清醒地认识到：重大专项的进展与党中央、国务院的殷切希望和肩负的历史使命仍有一定差距；部分专项前期预判不足、高端人才缺乏；部分专项相对封闭，制约了关键核心技术的综合集成……
面对新一轮科技革命和产业变革的新形势，重大专项被赋予以重点突破和局部跃升带动科技水平整体提升的重要使命。技术总师们认为，在战略决胜的关键时期，重大专项更要坚定不移地走中国特色自主创新道路，更要面向国家重大需求，充分发挥制度优势，积聚力量、协同攻关，突破关键核心技术，形成重大标志性成果，填补战略空白，形成支撑高端引领的先发优势，掌握战略主动，实现从跟跑向并跑、领跑的战略转变。
