除了部分矿点和水电项目整改不到位，中央第七环境保护督察组在甘肃督察期间还发现了部分主管部门存在以下问题：
宝瓶水电站未按照环评要求保证下泄流量设施和监控计量装置，甘肃省环保部门违规通过验收。
2015年环保部对张掖市政府的约谈中指出大海铜矿问题突出，甘肃省国土资源厅仍然向大海铜矿发放了探矿许可证。
甘肃省林业部门违规向位于实验区的天祝县冰河沟和石门沟金沙峡旅游项目发放行政许可，致使草原退化。
张掖市政府未按照环保部约谈要求制定矿山生态环境恢复治理方案，没有按要求对位于缓冲区的寺大隆二级电站进行依法取缔关闭，造成4.5公里河段断流。
祁连山国家级自然保护区管理局副局长汪有奎：保护青山绿水这是好事情，大家从认识上谁也知道，但是现实的问题，面包和风景之间，能把这个相互协调掉，我不吃面包我饿死，我看风景就看风景，赏心悦目，把风景破坏掉了，可能今后的面包没有了，但是现实面前，面包没吃到会饿死的，就这个矛盾冲突，这是最大的问题。
环保部南京所生态中心研究员王智：靠山肯定是要吃山的，但是怎么吃，决定了能否吃得下去，吃得长久。如果制度上、管理上不完善的话，肯定会产生偷吃的问题，留下祁连山老百姓怎么办，子孙后代怎么办。（央视记者陈允涛 闫建涛 王晨）
