遵义会议后中央成立了由毛泽东、周恩来和王稼祥组成的三人军事领导机构，即“新三人团”。这一军事领导机构在指挥作战中发挥了重大作用。目前许多著述中把毛泽东作为“新三人团”的首要领导人，这种说法是值得商榷的。虽然毛泽东在指挥作战中作出了许多关键性的决策，而且遵义会议的召开逐步确立了毛泽东在党内的领导地位，但这并不能说明“新三人团”是以毛泽东为首的。事实上，“新三人团”从它一开始成立之日起，就不是以毛泽东为首的，而是以周恩来为首的，毛泽东在其中起着决定性的作用。这是因为：
第一，遵义政治局扩大会议上决定取消博古、李德和周恩来组成的三人团，“仍由最高军事首长朱德、周恩来为军事指挥者，而周恩来同志是党委托的对于指挥军事下最后决心的负责者”。按常委的分工，毛泽东只是作为周恩来军事指挥上的帮助者。
第二，从当时中共中央对军事领导成员的分工来看，周恩来当时任红军总政治委员，是代表中共中央管红军的，毛泽东在职务上是低于周恩来的。1935年毛泽东被任命为前敌政治委员也是由周恩来和朱德联署的。
第三，从实际部署作战的军事决策过程看，周恩来具有最后决定权。这与毛泽东和周恩来在以后对此事的回顾相吻合。毛泽东回忆当年的情形时说，这个三人团，团长是周恩来，我和王稼祥是团员，三人团是以周恩来为首的。周恩来也在后来的回忆中说，“从遵义一出发，就遇到敌人一个师守在打鼓场那个地方，大家开会都说要打，只有毛主席一个人说不能打。但别人一致通过要打，毛主席也只好服从。但毛主席回去一想，还是不放心，觉得这样做不妥，半夜里提马灯又到我这里来，叫我把命令晚一点发，还是想一想。我接受了毛主席的意见，一早再开会议，把大家说服了。”从这段话中可以看出，主持军事会议，作出军事决策，发布作战命令的，就是周恩来。
第四，从现有的有关新三人团的任何原始资料来看，都没有提及新三人团是以毛泽东为首的。同样在与之相关的当事者的回忆录中，我们也没有发现这样的提法。比如说周恩来同志，在“文化大革命”期间，一向维护毛泽东个人威信，在一次谈到三人团的讲话中，也只是说三人小组由毛主席、稼祥和我组成，三人小组指挥军事作战，而并没有说三人小组是以毛泽东为首的。
当然，“新三人团”名义上的为首者与实际上操权决策者并不一定统一。从当时的情况看，遵义会议后，中共中央指挥军事的实际权力在周恩来与毛泽东之间微妙地转移着，毛泽东显然在新三人团中实际上起着非常关键的作用。但我们不宜简单地说“新三人团”以毛泽东为首，如果要说以周恩来为首，同时则需要说明毛泽东在其中起着决定性作用。