1934年秋，中央革命根据地的第五次反“围剿”因“左”倾教条主义错误领导而招致失败，中央红军被迫撤离根据地进行长征。长征前，瞿秋白并不知道中央决定突围转移的战略意图。直到部队出发前夕，他才知道这一消息，当即表示希望和大部队一道行动。但“左”倾教条主义者却拒绝了瞿秋白这一正当要求。据张闻天同志回忆：“瞿秋白同志曾向我要求同走，我表示同情，曾和博古提出，博古反对。”当时，毛泽东积极支持瞿秋白同志参加长征，但“左”倾教条主义者刚愎自用，又拒绝了毛泽东的意见。据吴黎平回忆：“中央局决定不让瞿秋白同志（当时是中央政府教育部长）跟红军走。听了这事以后，我心里很难受。一方面向毛泽东同志说，‘这怎么成？秋白同志这样一个有名的老同志难道能够不管，要他听任命运摆布？’请求毛泽东同志给中央局说说。毛泽东同志说，他很同情秋白同志，他曾说过，但他的话不顶事。”毛泽东是很了解和尊重瞿秋白的。大革命时期，他和瞿秋白是反对陈独秀右倾机会主义的亲密战友，在王明错误路线统治时期，他俩都遭受了王明“左”倾教条主义者的排挤和打击。这时，毛泽东惦念着瞿秋白同志的艰难处境。据聂荣臻同志回忆：当部队即将出发时，他到瑞金去看望毛泽东同志。“毛泽东同志听我们说到转移，就说：‘你们知道了？’我说：‘我们接受任务了。’我们这次去见毛泽东同志，本想打听一下转移去哪个方向，可是他就谈到这里，不往下谈了，却提议一同去看看瞿秋白同志办的一个图书馆。”毛泽东之所以提出去看望瞿秋白创办的图书馆，一方面表达了他对瞿秋白同志在中央根据地艰辛开拓文化教育工作的重视；另一方面也表示了临行前他对战友的惜别之情。
“左”倾教条主义者的宗派主义干部政策是很不得人心的。当他们拒绝瞿秋白参加长征时，立即引起了不少干部的不满和意见。“左”倾教条主义者文过饰非，散布什么瞿秋白“患有肺病，身体很差”，李德则说：瞿秋白不能长征“只是由于他的重病”，等等，企图以此掩盖他们不可告人的目的。即便是瞿秋白同志身体不好，也不足以成为阻拦他与红军长征的理由。对此，伍修权同志揭露得好：“有的为‘左’倾路线领导者不喜欢的干部，则被他们乘机甩掉，留在苏区打游击，如瞿秋白同志，身体根本不适应游击环境，也被留下，结果使他不幸被俘牺牲……事实证明，像董老、徐老等年高体弱的同志，由于跟主力红军行动，都被保存了下来，安全到达了陕北。”这一针见血地戳穿了“左”倾教条主义者编造的谎言，也指出了“左”倾宗派主义干部政策的危害。
10月中旬，中央红军陆续出发了。瞿秋白和战友们依依惜别，心情十分激动和不安。吴黎平说：“我请秋白同志到家中吃饭。这次秋白同志情绪特别激动，喝酒特别多。他说：‘你们走了，我只能听候命运摆布了，不知以后怎样，我们还能相见吗？如果不能相见，那就永别了。我一生虽然犯过错误，但对党对革命忠心耿耿，全党同志有目共见。祝你们前途顺利，祝革命胜利成功，我无论怎样遭遇，无论碰到怎样逆境，此心可表天日。”
瞿秋白是中共民主集中制的模范执行者。他虽然对“左”倾教条主义者不让他参加长征很有意见，但他最后仍然服从了组织的决定。后来，他留在江西中央革命根据地坚持游击战争，任中共中央江西分局宣传部长。1935年2月，瞿秋白在福建长汀不幸被敌人逮捕，最后，英勇地牺牲在敌人的屠刀下。