北伐战争是国共两党合作进行的革命的、正义的战争。战争形势发展迅猛，取得了很好的效果，陈独秀作为中共中央的领导人，对北伐是积极倡导和热心支持的。他虽因病未能参加准备北伐的中共北京特别会议，但是从上海致电会议，表示“必须解决北伐问题”。
北伐战争以来，农民运动有了迅猛发展。仅以农协会员发展为例。在湖南，1926年12月第一次农民代表大会召开时，只有会员130多万，到1927年2月间就发展到200万人，到4月底，激增至500多万人。在湖北，1926年底只有28万多会员，到1927年3月初，增加到80万人，以后又激增到250多万。在江西，1927年2月间，农协会员也由1926年底的5万多发展到38万多人。1927年春，全国已有五省成立了农民协会。全国农协会员曾发展到九百多万人。正如毛泽东同志所说：短短几个月，造成了一个空前的农村大革命，成就了40年乃至几千年未曾成就过的奇勋，从根本上动摇了帝国主义和封建势力的基础。随着革命高潮的到来和农民运动的澎湃发展，陈独秀错误的认为左派的活动过火，导致了共产党与国民党的摩擦，他由支持北伐转向了质疑北伐。
中山舰事件后，国民党内部逐渐形成蒋介石个人独裁的局面。在北伐战争中国民党内部的矛盾有了新的发展。蒋介石集党权、政权、军权于一身，专横跋扈，凭借武力指挥一切。共产国际对国民党的革命性估计过高，同时过于相信蒋介石集团。特别是共产国际、联共（布）对革命阵营内部斗争的尖锐性和蒋介石等人迅速叛变革命的可能性缺乏认识。这对中共中央的领导人陈独秀产生很大的影响。在中山舰事件上，陈独秀就没有看清事件的本质和蒋介石的阴谋，错误的认为是左派内部的许多误会造成的。当蒋介石反革命势力随着北伐的胜利进军日益膨胀，国民革命战线内的斗争愈演愈烈之际，陈独秀为首的中共中央却很难适应复杂多变的局面，以致在右倾的道路上越走越远。